Un virus géant resurgit du passé après un sommeil de 30 000 ans dans le sol gelé de Sibérie

Publié le 12.06.2014

Le sol gelé des zones arctiques abrite différentes reliques telles que des mammouths, des rhinocéros laineux ou des plantes ancestrales, dans des conditions de conservation remarquables. Il peut aussi contenir des formes de vie beaucoup plus primitives comme des virus susceptibles d’être réactivés après des milliers d’années de congélation.

Une équipe franco-russe comprenant plusieurs chercheurs du CNRS, provenant notamment du laboratoire Information Génomique et Structurale (IGS) [1] et du Génoscope [2], vient de découvrir un nouveau virus géant (les virus géants sont les seuls virus observables au microscope optique et renfermant un très grand nombre de gènes par rapport aux autres virus). Ce virus provient du pergélisol de Sibérie, plus particulièrement de la région autonome de Tchoukotka, située à l’extrémité nord-est de la Russie. Jusqu’à présent, il n’existait que deux familles de virus géants : les Megaviridae [3] et les Pandoraviridae [4], comprenant le seul genre Pandoravirus. Les chercheurs viennent de créer une troisième famille : celle des Pithoviridae [5], comprenant le nouveau venu dénommé Pithovirus sibericum et daté de 30 000 ans (Pléistocène supérieur). Le fait le plus extraordinaire est que malgré son âge vénérable, il a pu être réactivé et se multiplier à nouveau.

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Pithovirus sibericum
Crédit photo : Pavel Hrdlička, Wikipedia
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Ce virus possède certaines caractéristiques des virus deux autres familles, tout en ayant ses propres spécificités : ainsi, sa taille et sa forme ressemblant à une amphore (1,5 μm de longueur pour 0,5 μm de diamètre) peuvent faire penser à Pandoravirus mais son génome est beaucoup plus restreint et ne contient qu’environ 500 gènes au lieu des 2 500 caractérisant ce dernier. Sa grande taille fait de Pithovirus sibericum le plus grand virus connu à ce jour. Comme les Pandoravirus, Pithovirus infecte des amibes du genre Acanthamoeba pour se répliquer, mais il utilise essentiellement le cytoplasme de son hôte (au même titre que les Megaviridae) et non pas son noyau d’ADN comme le font les Pandoravirus. Son génome possède un taux de GC (guanine-cytosine) de 36 % semblable à celui des Megaviridae, très différent du taux de 61 % rencontré chez les Pandoravirus. Par contre, sa morphologie générale est différente de celle des Megaviridae et plus proche de celle des Pandoraviridae en forme d’amphore telle que décrite précédemment. Ce sont toutes ces constatations qui ont conduit à la création de la nouvelle famille des Pithoviridae.

D’après les chercheurs, alors que la température moyenne mondiale a augmenté de 0,7 °C au cours des cent dernières années, la température moyenne de la couche superficielle du pergélisol arctique a augmenté de 3 °C au cours de la même période. Durant le vingtième siècle, le pergélisol de l’hémisphère nord a diminué de 7 %.

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Fissures dans le pergélisol suite au réchauffement
Crédit photo : Magnus Manske, Wikipedia
Certains droits réservés : Licence Creative Commons-BY-SA

Le réchauffement climatique actuel pourrait ainsi faciliter l’accès et l’exploitation de ressources minières et pétrolières dans le pergélisol des régions arctiques ou circumpolaires. Pithovirus sibericum est inoffensif pour l’homme et les animaux, mais on peut néanmoins se demander si des virus pathogènes, cette fois, ne pourraient pas être conservés dans les sols gelés, tels que le virus de la variole [6], considéré comme éradiqué, ou celui de la « grippe espagnole » [7] qui fit des millions de morts au début du vingtième siècle. Des avancées scientifiques notables ont été rendues possibles grâce à la découverte de traces du virus de la « grippe espagnole », conservées sur des victimes enterrées justement dans du pergélisol de l’Alaska.

Le danger concernant les populations et les travailleurs est donc à prendre très au sérieux lors de l’exploitation des contrées arctiques et Pithovirus sibericum pourrait représenter un signal d’alerte et générer une prise de conscience sur les risques sanitaires potentiels de ces zones reculées.

Ludovic Hamiaux, INIST-CNRS

[1]laboratoire Information Génomique et Structurale

[2]Génoscope

[3]Lien Wikipédia sur Megaviridae.

[4]Lien Wikipédia sur Pandoraviridae.

[5]Lien Wikipédia sur Pithoviridae.

[6]Lien Wikipédia sur la variole.

[7]Lien Wikipédia sur la grippe espagnole.

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